חומצה 3-אינדולאצטית היא סוג של אוקסין צמחי. לאוקסין השפעות פיזיולוגיות רבות, הקשורות לריכוזו. ריכוז נמוך יכול לקדם צמיחה, וריכוז גבוה יעכב צמיחה אפילו יהרוג צמחים. השפעה מעכבת זו קשורה לשאלה האם הוא יכול לגרום להיווצרות אתילן. ההשפעות הפיזיולוגיות של אוקסין באות לידי ביטוי בשתי רמות. ברמה התאית, אוקסין יכול לעורר את חלוקת תאי הקמביום; לעורר את התארכות הענפים ולעכב את הצמיחה של תאי השורש; לקדם את הבידול של תאי קסילם ופלואם, לקדם שורש ייחורים ולווסת את המורפולוגיה של הטבעת. ברמת האיבר והצמח כולו, אוקסין עובד משתיל להבשלת פרי. אוקסין שולט בעיכוב אור אדום הפיך של התארכות היפוקוטיל בשתילים; כאשר הוא עובר לחלק התחתון של היורה, הוא מייצר גיאוטרופיזם ענפי; כאשר הוא עובר לצד התאורה האחורית של הצילומים, הוא מייצר פוטוטרופיזם ענפי; חומצה 3-אינדולאצטית גורמת ליתרון apical ומעכבת את הזדקנות העלים. אוקסין מקדם פריחה, גורם להתפתחות פרי פרתנוקרפי ומעכב את בשלות הפירות.